Baudouin Dupret a reçu une formation en droit et en langue arabe et islamologie à l'Université catholique de Louvain, en Belgique, de même qu'en études sur le Proche-Orient à l'Université américaine du Caire, en Egypte. Il est docteur de l'Institut d'Etudes Politiques de Paris, où il a également passé son habilitation à diriger des recherches.
Chargé de recherches au CNRS, il a été en poste huit ans au CEDEJ, en Egypte, puis quatre ans à l'IFPO, en Syrie. Il est aujourd'hui en poste à l'Institut des Sciences Sociales du Politique (ISP-ENS Cachan) et chargé de cours invité à l'Université de Louvain. Il est directeur du centre Jacques-Berque à Rabat.
Il travaille tout particulièrement sur l’approche théorique, sociologique et anthropologique de la norme et du droit, particulièrement dans les sociétés arabes