Jean-Paul Guillaud a été directeur de recherche au CNRS dans le domaine de la physique des particules. Toute son activité professionnelle s'est passée au CERN (Centre européen de recherche nucléaire) de Genève.
Depuis le 1er janvier 2007 il est professeur honoraire de l'université 'Indiana à Blooomington aux USA et, à ce titre, poursuit son activité au CERN.
Il a écrit plusieurs livres de vulgarisation scientifique.