Jean-Yves Chapuis a été directeur de l'école d'architecture et adjoint à la ville de Rennes. Il est vice-président de Rennes Métropole, délégué aux formes urbaines.
Il est aujourd’hui consultant en stratégie urbaine et travaille pour des métropoles : Bordeaux, Lyon, Nantes, Strasbourg ; des agglomérations Besançon, Lens/ Liévin, la CARA (Royan).
Il enseigne à l’École nationale supérieure d’architecture Paris Val de Seine.