En 1519, Juan del Encina entreprit un pèlerinage en Terre-Sainte et célébra sa première messe sur le tombeau du Christ. Il a laissé une relation de ce voyage : Tribagia, o via sagra de Hierusalem.
Vers la fin de sa vie, il retourna en Espagne et desservit durant quelques années le prieuré de Léon. Il mourut à Salamanque en 1534. Il y est
inhumé dans la cathédrale.
Voilà tout ce que, jusqu'à ce jour, on a connu de plus certain, touchant le musicien-poète.
Mais, tout dernièrement, il s'est trouvé qu'en faisant des recherches dans les archives du chapitre de la cathédrale de Malaga, pour servir à l'histoire de la musique religieuse d'autrefois , M. Rafaël Mitjana a découvert qu'un certain Juan del Ensina (à cette époque, le z équivalait au c devant l'i), clerc du diocèse de Salamanque, faisant partie de l'archidiaconé majeur et de la chanoinie qui en dépend, avait vécu en cette dite église et cité de Malaga.