La ville se trouve à plus de deux mille mètres d'altitude, c'est un nœud ferroviaire situé sur le rebord du plateau du Colorado où il fait froid en hiver. Ce que Flagstaff a de mieux, c'est la vue que la ville offre sur les monts San Francisco, Dook'o'osliid, où vivent certains membres du Peuple Sacré : Dieu-qui-parle, Fils Maïs Blanc et Fille Maïs Jaune. Les Hopis considèrent eux aussi ces montagnes comme sacrées, l'endroit où résident leurs kachinas entre juillet et le solstice d'hiver.