Anne Nissen-Jaubert est titulaire d'un doctorat en Histoire et Archéologie de l'EHESS (1996). Elle a été maître de Conférences d’Archéologie Médiévale à l’Université François Rabelais de Tours – UMR CITERES-LAT ' (1999-2012). Elle est maintenant Professeure d'archéologie médiévale à l'Université Paris 1, Panthéon-Sorbonne depuis septembre 2012.
Elle a étudié au Danemark à l'université d'Aarhus, et dès cette époque elle a eu des jobs d'étudiante en archéologie. Elle a continué en France, a travaillé à l'INRAP.. Avant d’intégrer l’Université,elle a été archéologue contractuelle et chercheur associé à l’UMR 6575 CRAM à Caen