Son diplôme d'études approfondies portait sur la restauration du Mont-Saint-Michel au XIXe siècle.
Il a commencé sa carrière comme inspecteur des Monuments historiques pour l’Auvergne et le Limousin et c’est au fil de ses tournées d’inspection qu’il a découvert la peinture de Guy François.
Il a ensuite été en poste en région Nord-Pas-de-Calais, en région Centre puis a été chef de la mission des collections au Centre des Monuments nationaux.
Après un passage à Aix-en-Provence, il a intégré le Service des musées de France avant de rejoindre l’Inspection des Patrimoines. Il a poursuivi ses recherches sur l’Auvergne et a travaillé sur la découverte de la région par les artistes au XIXe siècle.
Bruno Saunier a été nommé sous-directeur de la politique des musées à la direction générale des patrimoines du Ministère de la culture et de la communication, en 2014. Il est conservateur général du patrimoine à l'Inspection des patrimoines, collège Musées.