Les professeurs ne devaient pas sanctionner les élèves ni les humilier comme il était alors d’usage, mais plutôt les aider à s’épanouir. Les relations entre professeurs et élèves devaient être ouvertes. Il encourageait les initiatives sociales, comme la publication d’un journal écrit par les élèves, et les activités sportives, tout à fait marginales à l’époque.
« Si Djamal s’apercevait que les Juifs n’étaient pas prêts à être conduits comme du bétail à l’abattoir, écrivit-il, peut-être se rétracterait-il au dernier moment. » Mais ce n’était qu’une pensée fugace, l’expression d’une colère impuissante. « Car en définitive, que pouvait faire le troupeau face aux loups du désert ? » Tel était le choix auquel plus d’une fois la communauté sioniste se trouva confrontée : faiblesse ou force, prudence ou résistance, fierté patriotique mettant la population en danger ou responsabilité sioniste condamnant à l’inertie.
Dans l’école qu’il avait fondée, il mettait en pratique une pédagogie révolutionnaire. L’enseignement y était dispensé en arabe, et non en turc comme cela se faisait alors. Les élèves ne devaient pas apprendre leurs leçons par cœur, mais les comprendre. Il n’y avait pas de devoirs à la maison, ni examens, ni diplômes. Sakakini prônait la « liberté de l’élève ». Rien, selon lui, n’était plus haïssable qu’un enseignement autoritaire.