Un autre reptile extraordinaire correctement interprété par Cuvier provenait des calcaires lithographiques de Bavière. Collini, le premier à l'avoir étudié en 1784, y avait vu un animal marin aux affinités mystérieuses. Cuvier comprit qu'il s'agissait en fait d'un reptile capable de voler qu'il nomma Ptérodactyle.
Les plus anciennes traces d'un intérêt de l'homme pour les fossiles sont d'ordre archéologique. Il s'agit de fossiles trouver dans des habitats préhistoriques et dont il est clair qu'ils avaient été apportés en ces lieux par les habitants. Ainsi, le préhistorien français André Leroi Gourhan a signalé quelques invertébrés fossiles trouvés dans des niveaux moustériens d'une des grottes d'Arcy sur cure (Yonne). Il s'agit d'objets apportés en ces lieux par des hommes de Néanderthal, dont l'attention avait due être attirée par le aspect inhabituel.
Léonard de Vinci (1452 1519) voyait dans les coquillages fossiles les restes d'animaux morts sur les lieux où on les trouve aujourd'hui, à des époques où ces régions étaient couvertes par la mer, après quoi ces anciens dépôt marins avaient été surélevés jusqu'à former des collines ou des monts, aujourd'hui découpés par l'érosion des fleuves : "les montagnes où sont les coquillages étaient jadis des rivages battus par les flots, et depuis elles se sont élevées à la hauteur où nous les voyons aujourd'hui."
Dès 1825, Geoffroy Saint-Hilaire envisageait donc que certains organismes fossiles aient pu être les ancêtres de formes actuelles. Il considérait que les changements du milieu avaient pu exercer une influence sur les transformations des êtres vivants.
En 1894, le paléontologue Henri Filhol donner de la paléontologie cette définition simple mais fort pertinente :
"La paléontologie est une science permettant d'arriver à la connaissance des êtres disparus, végétaux ou animaux, par l'examen des restes qu'on en retrouve au sein des diverses couches terrestres."
Interview de Eric Buffetaut sur la couleur des plumes de dinosaures