Depuis longtemps, la France convoitait la Comté pour de multiples raisons économiques, politiques et stratégiques. En 1636, la guerre éclate. Les Montagnards Comtois sont prêts à la lutte contre l'envahisseur français, dans un terrain tout en vallées étroites, en gorges et en rochers propices aux embuscades...
La guerre impitoyable, la famine, la peste et l'exode vident le pays et ses habitants. Les Gris (Français) et les Cuanais (diminutif de Séquanais, désignant les Comtois) ses livrent une guérilla sanglante, surtout dans le secteur des Bouchoux et de la Valserine. En 1638, Lacuzon verrouille la vallée de la Bienne vers Vaux-les-Saint-Claude où une grotte porte son nom. De là, il lance des attaques et des picorées (pillages), essentiellement en direction de la Bresse. Néanmoins, il ne peut pas empêcher le ravage de la terre de Saint-Claude par les hordes du prince de Saxe-Weimar, de Guébriand, et de Lamothe-Houdancourt (maréchal de France), qui se livrent à des cruautés sans nom contre les populations civiles (crucifiés, brûlés vifs, emmurés vivants dans les cavernes...) De violents combats opposent les envahisseurs et les maquisards notamment à Septmoncel, Montépile, Rochefort...
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