Vieille maintenant de deux siècles, à la fois disciplinaire et judiciaire, unique dans les annales militaires françaises, l'affaire dite « du Royal-Comtois » a mis en cause un régiment d'origine comtoise qui, au moment de la crise, avait cependant perdu une bonne part de son caractère régional.
En son temps, et toutes proportions gardées, elle a suscité des remous qui font penser à ceux de l'affaire Dreyfus, mais elle a été éclipsée par les grands bouleversements de la Révolution et de l'Empire qui l'on suivie de près.
1501 - [p. 30] L'affaire du Royal-Comtois (1769-1773) par le général Pierre Bertin.
Outre son nom, Royal Comtois conserve ses drapeaux qui présentent même une particularité méritant d'être signalée aux amateurs de symbolique militaire. (...) alors que les drapeaux de bataillon des autres régiments d'infanterie français portent la grande croix blanche de la France écartelant la ou les couleurs du corps, ceux du Royal-Comtois ont la croix de Saint-André de Bourgogne, rouge, écotée, ressortant sur fond aurore semé de fleurs de lis.
Note de bas de page : Un autre régiment, Bourgogne, futur 59e RI, portait également la croix de Saint-André rouge, mais sur fond blanc semé de fleurs de lis d'or. Ce corps, levé en Comté pendant l'occupation temporaire de 1668 avait été conservé dans l'ordre de bataille français malgré les nombreuses défections provoquées par le retour de la Comté à l'Espagne après le traité d'Aix-la-Chapelle.
1505 - [p. 31] L'affaire du Royal-Comtois (1769-1773) par le général Pierre Bertin.