Ridley Scott soutient tout au long du film la thèse selon laquelle l’évolution des espèces est bien un processus naturel mais régulé ou contrôlé par Dieu. Le sacrifice de l’Ingénieur, le pendentif de Shaw (qui tient plus d’une bonne sœur que d’une scientifique), l’éloge de la superstition sur la raison, le spiritualisme omniprésent, sont autant de références religieuses qui flattent sans doute un public américain très croyant mais qui véhiculent des idées totalement fausses sur l’évolution.