Henri-Jean Hugot occupe les postes de Maître de conférences et de sous-directeur du Muséum national d'histoire naturelle.
Il étudie d’abord l’ethnologie et la paléontologie avant de diriger pendant deux ans le département de préhistoire saharienne du musée du Bardo à Alger (Algérie). En 1960, il participe à la mission Berliet Ténéré-Tchad, dernière grande expédition scientifique française avant les indépendances. De 1963 à 1969, il enseigne la préhistoire africaine à l’Institut d’Afrique Noire de Dakar (Sénégal). C’est en 1970 qu’il est nommé vice-Président du Muséum national d’histoire naturelle à Paris. Attaché de recherche au Centre national de la recherche scientifique de Paris en 1991, il est probablement l’une des dernières "encyclopédies du Sahara" encore vivantes.
Henri-Jean Hugot publie plus d’une centaine de travaux, la plupart à caractère scientifique.