La connaissance de tous les gènes d’un organisme fournit une première base. À partir de quoi, il reste à analyser leur expression, les protéines dont ils dirigent la synthèse, leurs fonctions, et le monde des interactions entre les uns et les autres. Dès le début des années 2000, ces approches commencèrent à produire des résultats. On utilise souvent des réseaux, à deux dimensions ou plus, comme mode de représentation des systèmes complexes.