Étienne Bourgeois est titulaire d’une licence en sciences de l’éducation de l’Université Catholique de Louvain la Neuve (1981), et d’un doctorat en philosophie de l’Université de Chicago (1990).
Il a commencé sa carrière académique comme assistant à la Faculté Ouverte de Politique Économique et Sociale de l'Université de Louvain (1983-1990). Il a été nommé professeur en 1990 (à titre temporaire d'abord, puis à titre définitif en 1993) à la faculté de psychologie et des sciences de l'éducation de l'Université de Louvain.
De 2007 à 2009, il a exercé la fonction de Responsable Recherche et Développement au Département Formation du Comité International de la Croix-Rouge à Genève.
Il a également été professeur invité et chercheur associé au Centre de Recherche sur la Formation du CNAM (2004-2010). En 2006, il a co-fondé, et codirige depuis, la collection "Apprendre" aux Presses Universitaires de France.
Il a été nommé Professeur Ordinaire à l'Université de Genève (FPSE, Secteur Formation des Adultes) en janvier 2010.
Il est auteur et éditeur scientifique de très nombreuses publications scientifiques.