Une fois diplômé, Mercator approfondit les enseignements d’Aristote sans arriver à les concilier avec ceux de la Bible. Il écrira notamment :
« Quand je vis que la version de Moïse de la genèse du monde ne concordait pas suffisamment avec les vues d’Aristote et du reste des philosophes, je commençai à douter de la véracité de leurs enseignements et me mis à explorer les secrets de la nature ».
La quête de preuves en faveur du récit biblique de la création du monde occupera le géographe jusqu’à la fin de ses jours.