Jean-François Thomas est ordonné prêtre de la Compagnie de Jésus en 1988.
Fils d'officier, il est docteur en philosophie avec une thèse sur Teilhard de Chardin, dirigée par Claude Bruaire est soutenue à la Sorbonne en 1981.
Maître en théologie à Weton School of Theology (1988), après avoir enseigné la philosophie au Séminaire de Paray-le-Monial, il l'enseigne à l'institut Académique de Théologie de Lugano.
Il fut pendant quinze ans missionnaire à Manille ou il se consacra à la sauve-garde des enfants des rues.
Il a publié en 2009 "Sentinelle, où en est la nuit ?" chez Francois-Xavier de Guibert et, chez Via Romano, "Comme un lys au milieu des alpines" (2014) et "Les Mangeurs de cendres" (2016).
Il est également auteur de plusieurs ouvrages sur Simone Weil, Édith Stein et Teilhard de Chardin.
En 1941, cette immense écrivaine, pensant devenir folle, va se jeter dans une rivière les poches pleine de pierres. Avant de mourir, elle écrit à son mari une lettre où elle dit prendre la meilleure décision qui soit.