Les raisons de l'agressivité croissante des Iroquois après 1640 ont fait l'objet de nombreux débats. Certains auteurs pensent que les Iroquois entreprirent leurs campagnes militaires afin d'obtenir des prisonniers et de compenser ainsi les pertes de population subies durant les épidémies. Mais, alors que les Iroquois réussiront à intégrer un grand nombre de prisonniers dans leur société au cours des décennies suivantes, ils perdent un grand nombre de leurs guerriers durant ces campagnes. Ainsi les Mohawks et les Oneidas attaquent les tribus algonquines de la vallée de l'Outaouais, les Montagnais qui vivent plus loin à l'est, et les Abénaquis du nord de la Nouvelle-Angleterre. Durant les années 1640 et 1650, les expéditions mohawks vont pénétrer jusqu'au Maine et au lac Saint-Jean, à l'est, et jusqu'au bassin de la baie James, au nord. La plupart des communautés se fragmentent alors en clans locaux, ou même en foyers, qui se dispersent pour trouver refuge ailleurs. De nombreux Hurons se joignent à leurs partenaires algonquiens, pétuns et neutres. Au cours des années suivantes, un grand nombre de Hurons se joignent de leur propre gré aux Iroquois. D'anciens prisonniers hurons que les Iroquois ont adoptés accompagnent ceux-ci lors des expéditions militaires et tentent de sauver autant de parents et d'amis qu'ils le peuvent. Les individus hurons adoptés par des familles iroquoises finissent par être traités comme des Iroquois de naissance. Les descendants de ces Hurons deviendront des membres à part entière des tribus qui les ont adoptés.
Les Iroquoiens appartenaient à des sociétés égalitaires où un individu ne pouvait donner d'ordres à un autre et où les parents ne pouvaient même pas contraindre leurs enfants à obéir. Le christianisme, pour sa part, issu des sociétés hiérarchiques et coercitives du Proche-Orient antique et de l'Empire romain, s'était développé dans les monarchies de l'Europe occidentale avant d'être apporté dans le Nouveau Monde. La doctrine chrétienne repose sur le principe d'obéissance à Dieu et à ses représentants terrestres dans la société et dans la famille. Bien qu'ils fussent partisans d'un certain relativisme culturel, il n'était pas question pour les Jésuites d'adapter le message chrétien aux besoins d'une société égalitaire.