Le capitaine Charles Johnson est un auteur britannique du livre Histoire générale des plus fameux pyrates (1724) et dont l'identité reste un mystère.
Aucun enregistrement d'un capitaine de ce nom n'existe. Certains chercheurs ont suggéré que "Charles Johnson" était en réalité un pseudonyme de Daniel Defoe, mais ceci est contesté.
Le travail de Charles Johnson a été déterminant dans l'élaboration des conceptions populaires de la piraterie et est la principale source pour les biographies de nombreux pirates.