Économiste de formation, Hubert de Beaufort est industriel et banquier.
Son père fut le chef de cabinet militaire du Général de Gaulle en 1958. Ses frères, de grands Résistants, ont été fusillés par la Gestapo, l’un de ses oncles fut nommé Compagnon de la Libération, à titre posthume.
Il fait ses études à l’Institut des hautes études internationales et prépare une thèse de doctorat sur les accords de Genève. D’abord administrateur de la Banque d’Escompte, puis directeur général d’une société informatique, il collabore, dans les années 80, avec Claude Gruson, le fondateur de l’INSEE.
En mai 1998, il fait la connaissance avec Maurice Papon pour effectuer une contre-enquête sur le procès. Une année plus tard, il publie un ouvrage pour la défense de l'ancien préfet, "Contre-enquête sur l'Affaire Papon".
Hubert de Beaufort a été président de l'Institut de Recherche pour l'Intelligence Économique, Sociale et Stratégique (IRIESS).
Il a également animé la chronique géopolitique sur la radio Notre Dame.