La première grande crise de la flagellation eut lieu en 1260 à partir de la Pérouse et se répandit dans l'Italie du Nord et au-delà des Alpes, en Provence, jusqu'à l'Alsace, l'Allemagne, la Hongrie, la Bohême et la Pologne. Une autre grande crise eut lieu en 1349, déclenchée par la peste noire, notamment en Allemagne et aux pays-Bas.