Les fouilles démarrent en 1998, sous la direction du North Carolina Underwater Archaeology Center. Les premiers artefacts collectés indiquent qu'il s'agit d'un navire datant du début du XVIIIè siècle, sans permettre pour autant d'affirmer que c'est bien celui de Barbe Noire. Pour l'équipe qui doit analyser les indices, la tâche est complexe. Entre 2006 et 2008, 60% de l'épave a été fouillée, livrant une grande quantité d'objets. En 2009, des archéologues vont faire une découverte déterminante : la cloche du navire, marquée de l'inscription "IHS MARIA ANO 1705" ("IHS" correspond au blason des Jésuites), qui permet de savoir qu'il s'agit d'une frégate d'origine française, comme l'était le bateau de Barbe Noire. La même année, de nombreux canons en fonte sont exhumés...
... L'examen poussé de l'ensemble des vestiges permet finalement aux archéologues d'affirmer, le 4 septembre 2011, que l'épave découverte en 1996 est bien celle du navire d'Edward Teach, alias Barbe Noire.