Il a participé à la fondation du magazine "Gai Pied" en 1978. Ayant débuté au "Matin de Paris" puis au "Sauvage", alors mensuel des Amis de la Terre, Jean Stern a effectué une grande partie de sa carrière à "Libération", qu'il quitte en 1995. Sous le pseudonyme de Gilles Schiller, il a notamment couvert la révolution de velours à Prague et la chute des Ceausescu à Bucarest.
Rédacteur en chef édition de "La Tribune" en 1996, il quitte en 2001 le quotidien économique. Il est ensuite chef d'édition du magazine "Le Nouvel Économiste". Jean Stern a également été rédacteur en chef du magazine "7 à Paris".
Éditeur de la revue "De l'autre côté", publiée entre 2008 et 2014, Jean Stern est depuis octobre 2014 le rédacteur en chef de "La Chronique", le journal de la section française d'Amnesty International.
Il a été entre 2006 et 2013 directeur pédagogique d'une école de journalisme, l'EMI-CFD, coopérative de formation aux nouveaux métiers de l'information (SCOP S. A.) située à Paris X.
Consultant, formateur et journaliste indépendant, il a collaboré notamment aux revues "Charles" et "Ina Global". Il a également tenu une chronique dans les émissions de Sonia Devillers, "Le Grand bain" puis "L'Instant M" sur France Inter (2013).
Il a publié en 2012 "Les Patrons de la presse nationale, tous mauvais" à La fabrique.