Martin Nogueira Ramos est maître de conférences à l'Ecole française d'Extrême-Orient (EFEO). Il est maître de conférences invité à l'université de Kyoto et responsable du centre EFEO de cette ville.
En 2016, il a reçu le prix Shibusawa-Claudel pour sa thèse de doctorat : "Crypto-christianisme et catholicisme dans la société villageoise japonaise (XVIIe-XIXe)"