Quentin Boesch

La phylogénie a pour objectif de déterminer les relations de parenté entre organismes et de retracer l'histoire évolutive des groupes d'êtres vivants. Elle repose sur la comparaison de caractères morphologiques, anatomiques, comportementaux ou moléculaires. Des caractères similaires présents chez deux organismes sont considérés a priori comme étant hérités d'un ancêtre commun (homologie), mais il peut aussi exister des homoplasies (convergence et réversion). Chaque caractère peut être présent dans un état primitif (plésiomorphe) et dérivé (apomorphe). La comparaison d'un maximum de caractères permet d'envisager toutes les combinaisons d'événements évolutifs aboutissant à la répartition des caractères observée. Le principe de parcimonie permet de retenir le scénario évolutif le plus probable.

La paléontologie (du grec paleo "ancien", ontos "être" et logos "le discours, la science") désigne l'étude des êtres vivants du passé. La première étape pour retracer cette histoire de la vie consiste à récolter des traces des êtres vivants du passé sur le terrain. Ces traces sont des fossiles, c'est-à-dire des restes d'êtres vivants qui ont été préservés à la faveur de conditions particulières ou de leur nature, résistante à l'altération et à la dégradation. Ces fossiles sont retrouvés uniquement dans les roches sédimentaires puisqu'elles se forment par dépôts successifs de sédiments à la surface de notre planète, au fond des lacs et des océans, dans les rivières et les déserts ou à l'avant des glaciers.

L'identification des fossiles repose sur des critères essentiellement morphologiques. Le paléontologue regroupe des individus qui se ressemblent au sein d'espèces définies par leur morphologie (notion de morphoespèce). Les caractères géochimiques et moléculaires complètent l'identification des espèces fossiles (utilisation de l'ADN ancien et paléogénomique, utilisation des protéine ancienne paléoprotéomique).

Même si les fossiles semblent nombreux dans certains gisements, ils ne représentent qu'une faible partie des organismes qui existait sur ce site dans le passé et ils n'étaient pas tous exactement contemporains. Le fait d'en trouver beaucoup reflète surtout le temps long, d'échelle géologique, durant lequel ils ont pu s'accumuler ou des processus de concentration des individus morts par les courants!