Samuel Alizon

[chapitre sur le PAM, censés remplacer les antibiotiques, alors que pire que les antibiotiques, note de Pégase-Shiatsu] En conclusion, on s'apprête peut-être à renouveler exactement toutes les erreurs faites avec les antibiotiques classiques, mais cette fois ci avec des conséquences démultipliées. Les chercheurs en écologie et en évolution sont les plus à même d'être conscients de ces risques et quelqu'un comme Pierre-Henri Gouyon, qui a publié avec le Canadien Graham Bell un article scientifique sur le sujet, multiplie les interventions, partout en France. Le souci, et nous y reviendrons dans le cas de la grippe aviaire, est que pour ces questions on fait appel soit à des experts des processus moléculaires, soit à des médecins, mais pas à des experts ayant une vision intégrée.

Et même indépendamment de la circulation des personnes, qui est beaucoup plus compliqué dans le sens sud-nord, que dans le sens nord- sud, on peut s'attarder un peu sur le sens de circulation des marchandises, qui circulent bien plus facilement que les hommes. Une étude conduite à l'aéroport de Roissy en France, estime que chaque semaine, environ cinq tonnes de viandes de brousse passent en contrebande. Il s''agit de viande de pangolin, d'antilope, de singe... Sachant que le VIH provient à l'origine du VIS des singes et qu'on soupçonne que les transferts aient pu se faire via cette viande de brousse, on peut s'inquiéter des conséquences sanitaires de ce trafic clandestin.

La réponse officielle, elle est généralement que les plantes OGM sont stérilisées, ce qui empêche les croisements avec les plantes sauvages. Pourtant, comme on l'a vu ci-dessus, ceci n'empêche pas la propagation des gènes via la flore microbienne du sol. Certes, les gènes introduits dans les plantes OGM existent déjà dans la nature. Par exemple, la molécule Bt, qui est introduite dans le maïs de Monsanto pour résister aux insectes, est produite par une bactérie du sol. Mais tout est question d'échelle : les calculs ont montré qu'un champ de maïs Bt produit des quantités d'insecticides supérieurs à ce qui est pulvérisé dans les champs de plantes non-OGM.

Certes la souche virulente cause des infections courtes mais celles-ci sont très contagieuses tandis que la souche avirulente cause des infections plus longue mais en revanche, moins contagieuses. On a donc un compromis évolutif : pour un parasite, être virulent a un coût (l'hôte reste au lit et en plus, l'infection est courte si l'hôte meurt) mais cela a aussi un bénéfice( la probabilité de se transmettre à un nouvelle hôte est plus élevée). On peut faire un parallèle entre ce compromis évolutif subi par des parasites et le dilemme d'Achille, qui selon Homère eut à choisir entre une vie courte mais glorieuse et une vie longue mais sans éclat.

Dès 1942, c'est à dire un an avant la commercialisation massive de la pénicilline, un article publié dans une revue médicale anglaise rapportait le premier cas de résistance bactérienne à cet antibiotique. [...] Pourtant, il fallut attendre les années 1990 pour que l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) se préoccupe vraiment du problème de la résistance aux antibiotiques. La vision la plus candide pourrait mettre ce long délais uniquement sur le compte de l'optimisme sanitaire du milieu du XXe siècle : peu importe le nombre de bactéries résistantes, on était persuadé que de nouvelles molécules seraient découvertes. Une vision totalement cynique serait de remarquer que d'un point de vue marchand, la résistance à un médicament n'est pas une si mauvaise chose. En effet, celle-ci met du temps à ce généraliser (même si, on le verra, elle peut se protéger très rapidement) ; or quoi de plus profitable qu'une molécule qui devient inutile à l'expiration du brevet qui assurait le monopôle d''exploitation ? Cela permet de mettre sur le marché une nouvelle molécule sans même avoir la concurrence à bas prix de médicaments génériques à bas pris, car la molécule précédente est périmée. [...] Au final, la réalité est certainement entre ces deux visions extrêmes

Cette quête des origines [du coronavirus]illustre notre manque de connaissances quand à l'histoire naturelle des virus dans leur environnement. Si de telles recherches de Santé globale avaient été conduite plus tôt, dans la lignée es disciples de Pasteur tels que Charles Nicoll ou Théobald Smith, nous aurions pu en savoir déjà beaucoup plus concernant les mécanismes de transmission et de pathogénicité du virus. P 246

Il est possible que les réserves à l'égard de la phagothérapie [thérapie par les phages s'attaquant aux bactéries virulents] soit une conséquence de la guerre froide. La phagothérapie était vu comme une pratique soviétique et les antibiotiques comme la médecine de l'Ouest. Pratiquer la phagothérapie aurait dès lors pu apparaître comme une prise de position politique. Le fait que la phagothérapie soit couramment utilisée que dans les pays de l'ex-URSS vient illustrer ce point. Plus pragmatiquement, les antibiotiques sont infiniment plus rentables pour l'industrie pharmaceutique que les phages. Dans un cas on a une molécule bien définie donc facilement brevetable que l'ont peut vendre au poids. Dans l'autre cas, il faut le plus souvent utiliser un cocktail d'organismes vivants et, ces cocktails devaient être adaptés à chaque infection, on ne peut les produire en masse. Pour couronner le tout, les phages évoluent rapidement, ce qui rend tout brevet impossible. Le poids de l'industrie pharmaceutique n'est sans doute pas étranger à ce choix de société.

Car ce génome du virus de la grippe est fragmenté : toute l'information n'est pas regrouper dans une seule molécule d'ARN mais dans huit fragments. Un peu comme nos chromosomes humains. Les soucis apparaissent quand les hôtes sont coinfectés, c'est-à-dire coinfectés successivement par deux virus influenza. Pendant un laps de temps les virus coexistent dans un même hôte et donc dans certaines de ces cellules. Et là comme les images dans les cours de récréation, les deux virus peuvent s'échanger des fragments. Imaginez qu'un virus est accumulé 6 mutations sur l'un de ses fragments, et que l'autre en ait accumulé 7 sur un autre fragment. Le réassortiment entre ces deux virus peut produire une nouvelle souche avec 13 mutations d'un seul coup. [...] La différence est qu'avec la cassure la modification peut être radicale et rendre caduque toute mémoire immunitaire dans la population. Autrement dit un nouveau variant de grippe peut infecter tout le monde alors que la grippe annuelle n'a accès qu'à une fraction de la population.

... une telle transitons recouvre un changement du taux de mortalité humaine et un changement des causes de cette mortalité. Cette première transition épidémiologique à l'échelle de l'humanité a permis à de nombreux parasites causant des infections aiguës de se maintenir. Omran qualifie cette phase d'âge des famines et des pandémies, car l'espérance de vie oscillait entre 20 et 40 ans. La seconde transition est le recul des pandémies, permis par la mise en place des médecines d'hygiène et de l'accès au médicaments. Enfin, la troisième phase est celle des maladies dégénératives (cancers). Cette troisième phase apparaît paradoxale : l'amélioration des conditions de vie pourrait entraîner son lot de nouvelles pathologies, qui étaient jusqu'à présent masqué par d'autres décès, pourraient devenir la première cause de mortalité. Ainsi les cancers du col de l'utérus, qui se déclarent le plus souvent chez des femmes de plus de 45 ans, étaient forcément fréquents en 1900 où l'espérance de vie des femmes était d'environ 40 ans.

A l'inverse, la direction du Centre national de recherche scientifique (CNRS) mettra sur pied un comité COVID composé avant tout d'administratifs et de juristes, mais sans aucune expertise scientifique issue de ses unités. Quand à l'Agence nationale de la recherche, elle attendra fin Avril pour financer les travaux. AU passage, je ne peux pas résister à l'envie de mentionner que, fin 2019, deux jeunes chercheurs avaient soumis à l'ANR des projets de modélisation des maladies infectieuses, dont l'un portait sur l'épidémiologie médicale et l'hésitation vaccinale. Inutile de préciser qu'aucun des projets de recherche du Dr Canard sur les coronavirus, non financé pendant des années par l'ANR et soudainement jugés scientifiquement brillantissimes par cette même agence ? Il faut dire que, avec environ un projet sur huit financé, les élus sont rares. Tous ceci illustre l'importance bien connu d'une recherche fondamentale autonome vis-à-vis de l'exigence d'application à court terme.