Infirme, ne quittant plus le domicile qu'il partageait au Muséum avec son frère l'abbé René-Just Haüy, il s’éteignit le 19 mars 1822. Il est inhumé au cimetière du Père Lachaise, à Paris, en compagnie de son frère. Très influencé par les philosophes du XVIIIe siècle, il fut un des fondateurs du culte révolutionnaire de la Théophilanthropie.