Bernard Baertschi est titulaire d'un doctorat en philosophie de l'Université de Genève. Sa thèse, consacrée à la pensée de Maine de Biran, a obtenu le prix Rivier de l'Université de Lausanne (1981). Par la suite, il a été membre du CNRS (Paris) de 1980 à 1996, ainsi que du comité d'édition des Oeuvres de Maine de Biran (Paris, Vrin). Il a continué ses recherches sur la philosophie française au XVIIIème et XIXème siècles mais, parallèlement, s'est intéressé à l'éthique fondamentale et aux rapports entre la philosophie et la médecine, dont la bioéthique. Il enseigne actuellement ces matières à l'Institut d'éthique biomédicale et au département de philosophie de l'Université de Genève.
Il a été président de la Société suisse de philosophie et membre du comité de cette dernière de 1983 à 1997, ainsi que rédacteur des Studia philosophica de 1994 à 2005. Au printemps 2004, il a occupé la chaire municipale d'éthique de l'Université de Grenoble. Il siège dans diverses commissions d'éthique, dont depuis 2002 la Commission fédérale d'éthique pour la biotechnologies dans le domaine non humain (CENH).