Il débute ses études de médecine à l’Université de Fribourg et les termine à l’Université de Genève en 1975. Il se lance ensuite dans une formation de médecine interne et rejoint le Service de néphrologie et hypertension dirigé par le Prof. Hans R. Brunner au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) à la fin des années 1970.
Il travaille dès lors intensément dans le domaine de l’hypertension artérielle, tant sur le plan clinique que scientifique.
Après deux ans de formation au début des années 80 à Boston, il est nommé privat-docent à la Faculté de médecine de Lausanne, puis médecin adjoint dans le Service d’hypertension au CHUV, en 1986.
Passionné par l’enseignement et la pédagogie, Bernard Waeber œuvre comme adjoint pédagogique à la Faculté de médecine en 1995 et 1996, puis comme Vice-Doyen en charge de l’enseignement de 1996 à 2000.
Bernard Waeber a été nommé professeur honoraire de l'Université de Lausanne (UNIL) en 2014. Retraité, il est passionné d’art et d’écriture.