Boris Hessen est né dans une famille juive de Elisavetgrad, Russie (maintenant Kirovohrad, Ukraine). Il a étudié la physique et les sciences naturelles à l'Université d'Edimbourg (1913 à 1914). Il est ensuite allé étudier à l'Université de Saint-Pétersbourg (1914-1917). Il a rejoint l'Armée rouge dans la guerre civile russe, et est devenu communiste, membre du Conseil militaire révolutionnaire (1919-1921). Il a également poursuivi ses études de physique à divers endroits, il est diplômé en1928. Il est devenu professeur de physique et directeur du département de physique à l'Université d'Etat de Moscou en 1931 . En 1933, il a été élu membre de l'Académie des sciences de Russie.
En 1931, Hessen a prononcé son fameux discours "Les Racines socio-économiques des Principia de Newton" lors du deuxième Congrès international de l'histoire des sciences à Londres. Ce travail est devenu fondamental dans l'histoire des sciences.
De 1934 à 1936 Hessen a été directeur adjoint de l'Institut de Physique à Moscou dirigé par S.I. Vavilov. Le 22 Août, 1936 Hessen a été arrêté par le NKVD. Il a été jugé pour terrorisme par un tribunal militaire en même temps que son professeur Apirin. Ils ont été reconnus coupables le 20 Décembre 1936 et ont été fusillés le même jour. Le 21 Avril, 1956Apirin et Hessen ont été réhabilités à titre posthume.