Agrégé de philosophie, Daniel Payot est professeur d'esthétique et de théorie des arts à l’université Marc Bloch (Strasbourg), dont il a été aussi le président.
Après une thèse intitulée « Le philosophe et l’architecte. Sur quelques déterminations philosophiques de l’idée d’architecture », publiée en 1982, il consacre ses activités de recherche principalement à l’étude de la question de l’art dans les pensées contemporaines.
Il a été responsable d’un groupe de recherches sur « Les Fins de l’art », au sein de l’Équipe d’Accueil de Philosophie du laboratoire « Formes, présentations, présences », dirigé par Jean-Luc Nancy et Philippe Lacoue-Labarthe (†). Cette filiation explique la parenté de ses idées avec celles de Jacques Derrida, longuement cité à la fin de son livre Anachronies de l’œuvre d’art.
Daniel Payot a vécu au Burkina Faso entre 2003 et 2007. De cette expérience est né un essai intitulé L'art africain entre silence et promesse
En 2008, Daniel Payot est devenu adjoint à la culture du maire de Strasbourg, Roland Ries.