Après des études en Archéologie et Histoire de l'Art menées au début des années 80 à l'Université Libre de Bruxelles, Florence Doyen fonde, en 1987, l'association Egyptologica, en compagnie de quelques collègues antiquistes-orientalistes, comme elle. Outre sa responsabilité de gestion de l'asbl dont elle est l'administrateur-délégué depuis près de vingt ans, elle a pour tâche d'organiser l'ensemble des activités proposées par l'association, conférences, cours, excursions et voyages.
Dans le cadre de ses activités centrées sur l'étude de l'Egypte ancienne, on trouve de nombreuses conférences, visites des collections permanentes d'antiquités égyptiennes, d'expositions temporaires ou des sites eux-mêmes, à l'occasion de voyages annuels en Egypte.
Elle a contribué tant à l'organisation et à la réalisation de la plupart des expositions belges consacrées à l'Egypte, qu'à la rédaction d'articles ou de notices commentant les objets présentés.
Collaboratrice scientifique à l’Université Libre de Bruxelles, Florence Doyen porte ses recherches scientifiques sur l'étude de l'habitat domestique en Egypte ancienne et a participé à différents séminaires, colloques et congrès, par une contribution écrite ou orale, ainsi qu’à des missions de fouilles menées sur le terrain, en Egypte et au Soudan.