Le matin du 25 novembre 1943 la Gestapo avait en effet envahi les bâtiments de la Faculté des lettres de l'Université de Strasbourg repliée à Clermont-Ferrand, tuant deux professeurs et déportant plusieurs personnes. Canguilhem, qui avait abandonné le pacifisme sans réserves de son maître Alain au milieu des années 1930, prit la décision de quitter son poste pour prendre le maquis.