Alors qu'il était âgé de 9 ans, en 1996, une troupe de soldats de la SPLA arriva dans le camp où il vivait. Les soldats informèrent son père que sa famille, à son tour, devait donner quelqu'un à l'armée de libération. Le père étant déjà trop âgé, le frère aîné handicapé, les soldats décidèrent de prendre Machar puisqu'il était le seul "homme" de la famille en mesure de combattre, malgré son jeune âge. Obligé de les suivre, il fut emmené en compagnie d'autres jeunes, encore enfants ou déjà adultes.