Il a fait des études en anthropologie, sociologie et psychologie des religions, et détient un doctorat en sciences des religions de l'Université du Québec à Montréal.
Tout au long de sa vie il a œuvré comme psychothérapeute. Il allie sa compréhension des phénomènes religieux et magico-religieux (chamanisme, phénomènes paranormaux, etc.) à la psychologie moderne et à son intuition dans une approche qu’il nomme psycho-chamanisme.
Jean-Jacques Dubois est intimement lié à la fondation de l’Ermitage Clair-Obscur et en est le codirecteur.
" une des causes majeures de la confusion tient au fait que beaucoup de lecteurs de la Bible ne distinguent pas les deux domaines : celui de l'enseignement et celui de l'expérience "......