Sous le Consulat, un directoire central des hôpitaux gérait les personnels et fixait les normes techniques du service. Créé en 1800, il fut remplacé par la suite par six inspecteurs généraux, nommés par décret du Premier consul du 23 frimaire an XII. Ce furent Heurtcloup, membre du conseil de santé, Percy, chirurgien en chef d'armée, Larrey, chirurgien en chef de la Garde des consuls, Coste, médecin en chef de l'armée des côtes, Desgenettes, médecin du Val-de-Grâce, et Parmentier, pharmacien en chef de l'armée des côtes.
A partir du décret du 27 février 1790, les armées de la république ne participèrent plus au maintien de l'ordre qui devient l'apanage de la garde nationale, milice bourgeoise qui voulait défendre, à la fois, l'Assemblée et la Révolution contre une réaction de la monarchie et contrer les désordres populaires.