Après des études à l’Institut biblique de Rome et quelques années de pastorale à Genève, Jean-Michel Poffe soutient une thèse en histoire de l’exégèse. Il est nommé maître assistant à l’université de Fribourg (Suisse) et, en 1999, il est élu directeur de l’École biblique et archéologique française à Jérusalem , ce jusqu'en 2008.