L’expression des arts magiques employée par Mercator et ses collègues fait naître un malentendu qui lui est préjudiciable. En fait, la notion d’arte magica était et est toujours loin d’être claire. La difficulté vient de la quantité de scientificité qu’elle contient. Pour les uns, l’accent est mis sur le mot proprement magique, même astrologique, pour d’autres sur un début d’utilisation empirique du savoir. Il semble même que Mercator ait évolué d’une conception à l’autre.