Margarita Vassileva est titulaire d'un doctorat en Études slaves à l'Université Stendhal-Grenoble III en 1998.
Après une maîtrise en Lettres modernes à l'Université de Sofia (1990) et une DEA " Cultures et Économie de l'Europe centrale et orientale " à Grenoble (1992), elle se consacre aux échanges culturels entre la France et la Bulgarie et a publié des articles sur les mutations post-communistes bulgares.
Chargée d'études et d’expertise auprès de plusieurs ministères et agences (1990-2010), elle a été coordinatrice scientifique du projet "CODISP" au Centre Marc Bloch à Berlin de 2012 à 2015.