Musicologue, maître de conférences à l’Université de Toulouse-Le-Mirail.
Il enseigne l’analyse et l’histoire de la musique ancienne au Conservatoire de Toulouse et à l’École Supérieure de Musique de Catalogne (Barcelone). Il pratique la flûte à bec, les instruments à anche de la Renaissance et le hautbois baroque au sein de diverses formations de musique de chambre et d’orchestre, en France et en Europe.
Spécialiste de la musique de la Renaissance, Philippe Canguilhem a publié Andrea et Giovanni Gabrieli (Fayard, 2003). Joue de la chalemie et du basson Renaissance.