Après un bref passage dans une école d'ingénieur, Pierre-Yves Manguin s'inscrit à l'INALCO, où il obtient en 1967 le diplôme de langue et civilisation vietnamiennes. Il obtient en 1970 son diplôme de l'EPHE (IVe section) et soutient en 1977 son doctorat de IIIe cycle en histoire (université Paris-IV). Parallèlement, il poursuit à la Sorbonne et à l'EHESS des études d'ethnologie et de linguistique.
Engagé le Ier avril 1970 à l'EFEO (où il est aujourd'hui directeur d'études), il est affecté au centre de l'EFEO en Indonésie entre 1977 et 1982, entre 1986 et 1990 (comme responsable du centre de Jakarta), en 1993-1994, puis en 2000-01. Il est affecté à Paris depuis 2001.