Toutefois, malgré des progrès significatifs tant au niveau des connaissances que des techniques, progrès qui contrastent avec le dogmatisme de la médecine encore très centrée sur Galien et Hippocrate, la chirurgie se heurte à des obstacles majeurs. Faute d'une connaissance des causes de l'infection, les mesures favorisant l'aseptie et l'antiseptie relèvent de l'empirisme ou du hasard. De même, en l'absence de pinces hémostatiques, les hémorragies sont difficilement contrôlées. Enfin, la douleur s'oppose à la réalisation d'opération prolongées. La dextérité et la rapidité d'exécution constituent les qualités essentielles de tout bon chirurgien. Si dans certains cas l'alcool ou les produits à base d'opium atténuent la douleur, les cris et la souffrance demeurent omniprésents.
L'étude de l'implantation et de l'enracinement d'un corps médical et d'institutions hospitalières en terre canadienne permet donc d'appréhender sous un angle nouveau à la fois le processus même de colonisation et la société qui en résulte.