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La théorie du "dessein intelligent" fait appel à des interventions extérieures pour la formation des structures complexes dans le cours de l'évolution de la vie, qui ne pourraient pas se former par le mécanisme darwinien. De cette façon nous pourrions identifier une finalité générale.
Il s'agit d'une nouvelle version du "créationnisme scientifique" qui a été proposée aux Etats-Unis et se propose de concilier science et foi. Selon Michel Behe (2006), "la plus grande part des mutations qui réalisent les grandes structures de la vie doivent avoir été non fortuites et réclament donc une cause externe au processus évolutif". Cette position n'est pas scientifique. Le recours à une cause extérieure pour expliquer des choses que nous n'arrivons pas à expliquer par les moyens qui sont à notre disposition est trompeur et dangereux. On ne peut pas prouver et déduire l'existence et les interventions de Dieu en partant des lacunes de la science.
Ce que la science ne connaît pas encore mais qui peut rentrer dans son domaine doit être clarifié par les méthodes de la science. Faire appel à des causes transcendantes est source de confusion. La théorie du dessein intelligent n'est pas de la science et ne peut être présentée comme théorie scientifique (voir à ce propos Facchini, 2009).
Cela n'implique pas de nier un projet créateur de Dieu, qui s'est développé par les facteurs de la nature, même si nous n'en connaissons par encore toutes les modalités et mécanismes. Même les événements fortuits peuvent trouver place dans la création et dans le projet de Dieu, auquel toute chose est présente, et en qui les phénomènes de la nature peuvent acquérir une signification.
On pourrait parler d'un dessein supérieur qui n'exclut pas des incohérences, la souffrance, la mort, mais dans un horizon supérieur qui dépasse la nature.
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