De nationalité franco-suisse, Stéphane Bodénès fait ses études secondaires en Haute-Savoie, avant de s'établir à Genève pour ses études universitaires.
En 1990, il soutient une thèse de doctorat portant sur la limite d'Etat franco-genevoise. Docteur en Sciences économiques et sociales de l'Université de Genève, il enseigne l'histoire et la géographie à l'École internationale de Genève depuis 1989.