Stéphane Paquin est professeur agrégé à l'École nationale d'administration publique.
Stéphane Paquin détient un doctorat en relations internationales de l’Institut d’études politiques de Paris (Sciences po) qu'il a effectué sous la direction de Bertrand Badie.
Il a également été professeur agrégé à l'École de politique appliquée de l'Université de Sherbrooke, Visiting predoctoral fellow au département de science politique de l'Université Northwestern de Chicago, Maître de conférence à l'Institut d'Études politiques de Paris, professeur invité à l'Université de Montréal, professeur associé à l’UQAM et directeur général par interim de l'Association internationale de science politique/International Political Science Association.