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Plus fondamentalement, le matérialisme scientifique offre une réponse à la question : « Quelle est l'entité ou quel est le processus dont tout le reste est issu ? »
Les matérialistes scientifiques ont traditionnellement répondu à cette question en affirmant que la matière, l'énergie et/ou les lois de la physique sont les entités dont tout le reste est issu et que ces entités ont existé depuis toujours en tant que fondement non créé de tout ce qui existe. La matière, l'énergie et les lois physiques sont donc considérées par les matérialistes comme étant existantes en elles-mêmes.
De même, les matérialistes soutiennent que la matière et l'énergie se sont organisées par divers processus strictement naturalistes pour produire toutes les formes de vie complexes que nous voyons aujourd'hui. Cela signifie que les matérialistes scientifiques nient aussi qu'un créateur ou une intelligence créatrice ait joué un rôle dans l'origine de l'Univers ou de la vie.
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Non seulement le théisme résout de nombreux problèmes philosophiques, mais les preuves empiriques provenant du monde naturel indiquent puissamment la réalité d'un grand esprit derrière l'Univers. Notre Univers magnifique en expansion et finement accordé avec la complexité exquise intégrée et informationnelle des organismes vivants témoigne de la réalité d'une intelligence transcendante, celle d'un Dieu personnel.
La pression de cette preuve sur notre conscience scientifique suggère que nous n'avons pas besoin « d'inventer » Dieu, ni même d'accepter l'existence de Dieu comme étant une simple nécessité philosophique. Au lieu de cela, réfléchir à cette évidence peut nous permettre de découvrir - ou de redécouvrir - la réalité de Dieu. Et cette découverte est, en effet, une très bonne nouvelle.
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Je me suis retrouvé à décrire brièvement trois découvertes scientifiques clés qui, selon moi, soutenaient conjointement la croyance théiste - ce que j'appelle le «retour à l'hypothèse d'un Dieu» : (1) des preuves venant de la cosmologie suggérant que l'univers matériel a eu un commencement ; (2) des preuves venant de la physique montrant que, depuis le tout début, l'Univers avait été «finement réglé» pour permettre la possibilité de la vie; et aussi (3) des preuves venant de la biologie établissant que, depuis le tout début, de grandes quantités de nouvelles informations génétiques fonctionnelles sont apparues dans notre biosphère pour rendre possibles de nouvelles formes de vie et impliquent une activité provenant d'une intelligence créatrice (comme je l'avais déjà soutenu auparavant).
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Nous ne sommes pas seuls dans un vaste univers impersonnel et dénué de sens - nous ne sommes pas le produit d'une « indifférence aveugle et impitoyable ». Bien au contraire, les preuves indiquent bien une intelligence personnelle derrière le monde physique que nous observons. Cette prise de conscience a inspiré et peut continuer à inspirer des recherches scientifiques approfondies sur l'ordre sous-jacent, la beauté et la conception de la vie et de l'Univers.
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Les historiens et les historiens des sciences identifient généralement cet abandon des fondements théistes de la science moderne à trois dévelop- pements majeurs dans l'histoire intellectuelle occidentale: premièrement, l'idée des Lumières selon laquelle la raison humaine pouvait remplacer et fonctionner de manière autonome par rapport à la croyance religieuse"; deuxièmement, un scepticisme croissant sur l'existence de Dieu (ou du moins sur le bien-fondé des arguments en faveur de l'existence de Dieu) chez de nombreux philosophes des Lumières; et troisièmement, la montée du maté- rialisme scientifique et avec elle à la fois de nouvelles normes de pratiques scientifiques et une vision du monde prétendument basée sur la science qui affirme que c'est la matière et l'énergie, plutôt que Dieu, qui se trouve être l'évidence fondamentale dont découle tout le reste.
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Et bien que les philosophes grecs pensaient que la nature reflétait un ordre sous-jacent, ils croyaient néanmoins que cet ordre provenait d'un principe logique intrinsèque appelé le >> plutôt que d'un esprit ou d'un être divin doté d'une volonté. Pour cette raison même, de nombreux penseurs grecs ont supposé qu'ils pouvaient déduire comment la nature devait se comporter à partir de principes premiers basés sur des observations superficielles de phénomènes naturels, ou encore sans même observer du tout la nature.
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À chaque fois, cette médiatisation du thème « Dieu et la Science >> a déclenché de nombreux tirs de barrage provenant non seulement des scientistes, mais aussi d'intellectuels et de scientifiques chrétiens qui, après avoir mis en avant pendant des décennies la « séparation des magistères », ne veulent pas accepter l'idée que, finalement, la science aurait quelque chose à dire sur l'existence de Dieu. Ainsi, pas moins de quatre livres ont été publiés pour critiquer les thèses de Dieu, la science, les preuves.
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Newton considérait non seulement l'action gravitationnelle à distance comme une manifestation de la puissance de Dieu, mais il a également avancé de nombreux arguments de création puissants basés sur d'autres découvertes biologiques et astronomiques.

Newton considérait l'ordre décrit par les lois de la nature comme un mode d'action divine, mais il pensait aussi que de nombreux arrangements spécifiques de la matière (chacun étant soumis à ces lois) témoignaient bien de leur conception par un >.
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Les érudits musulmans médiévaux ont développé l'une des versions les plus célèbres de l'argument cosmologique, connue sous le nom de l'< argument du Kalam ». Cet argument affirmait que l'Univers avait un début temporel, une proposition que les philosophes cherchaient généralement à justifier en montrant l'absurdité logique ou mathématique d'une régression infinie des causes par rapport à leurs effets.
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Bien que certaines théories scientifiques du XIXe siècle, en particulier celles concernant les origines de la vie et l'histoire géologique, aient semblé remettre en question certaines idées théistes traditionnelles, ces historiens notent que la croyance en un Dieu – et le christianisme en particulier a joué un rôle décisif dans l'essor de la science moderne au cours des XVI et XVIIe siècles.
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