El Greco abandonne de plus en plus le panneau de bois courant en Orient au profit de la toile. Adoptant la pratique vénitienne, il utilise des toiles de lin grossier dont la texture vient renforcer l'effet expressif souhaité.
Il appose d'abord une mince couche de blanc sur la toile avant de la recouvrir d'un fond qui peut aller du rose au rouge sombre. il peint ensuite en traits de pinceau noirs les contours des figures et marque sur l'ensemble du tableau les points de lumière en blanc et les endroits les plus sombres en noir et en carmin. C'est a cet instant seulement qu'il commence véritablement à peindre, de manière complexe, ne laissant rien au hasard contrairement à ce que laissait supposer la première impression.
Le naturalisme qui caractérise ses travaux pour Santo Domingo el Antiguo et la cathédrale de Tolède a cédé sa place à une peinture qui cherche manifestement à exprimer des phénomènes spirituels. Le peintre rejette de plus en plus les lois de la perspective et des proportions énoncés par la Renaissance. Ses personnages portent leur relief, s'allongent s'amincissent.
Le peintre d’icône encore marqué par l'art byzantin se créera une nouvelle identité en faisant une vertu de ses déficits apparent dans un contexte artistique occidental et en donnant le jour, par un mariage de plusieurs cultures, à un style très personnel qui ne trouvera néanmoins son public que quatre siècle plus tard.
Ce sont les cartographes, les artistes, les ecclésiastiques, les humanistes etc qui avaient soutenu le peintre, et non les princes et leur cour, et ce furent les écrivains, les critiques d'art et une avant-garde artistique déjà internationale vers 1900 qui initièrent sa redécouverte et non les historiens d'art
La dématérialisation des formes qu'il atteint ici, mais aussi dans d'autres tableaux, a fasciné des artistes classiques modernes de Picasso à Jackson Pollock.
On peut caractériser de révolutionnaire ses saints contrits représentés en buste et constater qu'ils ouvrent la voie à l'art baroque.
Mais quel l'apport concret d'El Greco à la réforme de iconographie catholique? On distingue deux champs d'action. D'une part, il formule de nouveaux thèmes ou modifie de manière originale les sujets existants. D'autres part, il étudie un langage pictural inédit, réactivant en son age mur ses expériences de peintre d’icône crétois et les mariant avec les modes de représentation occidentale péniblement acquis lors de ses voyages pour générer un style personnel convaincant.
El Greco choisi, à l'instar de Titien et contrairement aux peintres de la cour de Madrid, une facture dans laquelle le trait de pinceau est encore visible lorsque le tableau est terminé.
La lumière acquiert une force symbolique, le clair et l'obscur s'affrontent de manière marquante et les couleurs gagnent en expressivité.
El Greco ne préparait pas ses compositions avec des modèles vivants, comme Tintoret, mais avec des figures en argile.