D'une famille originaire du Calvados, Jean-Philippe Denis est né à Paris un 23 Juin.
Membre de l'association spéléologique de Rougemont (Doubs), il prend dès 1980 la direction d'un chantier archéologique aux Roches de Gondenans-les-Moulins, où il trouvera notamment les restes d'un habitat remontant à l'aube de la Séquanie romaine.
Il participa aussi à la création du Musée de Rougemont en 1986.