Jean-Yves Empereur est un archéologue français né au Mans en 1952, études de lettres classiques à l'Université de Paris-IV Sorbonne (DEA, CAPES, Agrégation de lettres en 1975, Doctorat en archéologie en 1977).
Ancien membre de l'École française d'Athènes, dont il a été le secrétaire général, il a dirigé des chantiers de fouilles (notamment sous-marines) en Grèce, à Chypre et en Turquie, sur les sites de Thasos et Amathonte.
Chercheur au CNRS, directeur du Centre d'études alexandrines qu'il a fondé en 1990, il dirige depuis les fouilles archéologiques dans la ville d'Alexandrie, sur terre et sous les mers.
Le 4 novembre 2006, il obtient le titre universitaire de docteur honoris causa de l'Université de Neuchâtel en Suisse lors de la cérémonie du Dies Academicus.