Johannes Nathan a étudié l'histoire de l'art à l'Université de New York et à l'Institut Courtauld de Londres, où il a obtenu son doctorat en 1995 avec une thèse portant sur les méthodes de travail de Léonard de Vinci.
Il est l’auteur de nombreuses publications d’art, il dirige la galerie Nathan Fine Art (Berlin et Zürich) et enseigne l’histoire de l’art à l’Université technique de Berlin.